در راستای تکمیل رسالت آموزشی و استمرار هدفمند مسیر رشد دانش‌آموزان، مقطع متوسطه دوم مهدا در سال ۱۳۹۰ با همراهی تعداد ۱۴ دانش‌آموز در منطقه ۳ تهران (خیابان شهید کلاهدوز) تأسیس گردید. تمرکز راهبردی این مقطع، بر نهادینه‌سازی تخصص‌گرایی علمی و ارتقای ظرفیت‌های پژوهش مستقل استوار است. این مجموعه در تلاش است تا همگام با شکوفایی و تکامل هویت حرفه‌ای دانش‌آموزان، بستری پویا برای اعتلای هویت اجتماعی، مسئولیت‌پذیری و کنشگری مؤثر آنان فراهم آورد و بانوانی توانمند و دغدغه‌مند برای فردای جامعه تربیت نماید. در حال حاضر، مقطع متوسطه دوم نیز در مجتمع آموزشی مهدا (لویزان، خیابان شهید فرشادی) به فعالیت خود ادامه می‌دهد.